أعلن في العاشر من سبتمبر في عام 2004م ومن على صحيفة الثورة الرسمية عن مقتل زعيم التمرد الحوثي حسين بدر الدين الحوثي.
وقتل حسين الحوثي في 26 رجب الموافق 10 سبتمبر 2004م في الحرب الأولى، وذلك في أحد جبال مران، ونقل الجيش جثته إلى صنعاء واحتفظ بها حتى أعادها إلى الجماعة في ديسمبر 2013م، لتجري بدورها فحص للحمض النووي للتأكد من هوية الجثة.
وقاد صالح حروب ستة ضد الحوثيين بدعوة التمرد إلا أنه مالبث أن تحالف معهم بعد أن فقد السلطة وجرد من الحكم بعد ثورة شعبية خرجت ضده في فبراير 2011م ومن ثم مبادرة خليجية قضت بتعيين الرئيس عبد ربه منصور هادي رئيسا مؤقتا لليمن خلفا له في 2012م.
وتحالف صالح مع الحوثيين ودعمهم في تمردهم على الشرعية حتى سقطت العاصمة صنعاء في سبتمبر 2014م تحت أيديهم في محاولة منه لاستعادة الحكم الذي فقده.
إلا أن تدخل التحالف العربي لدعم الشرعية في اليمن بقيادة السعودية أفشل مخططات صالح وأعاد أجزاء كبيرة من الأراضي اليمنية تحت سيطرة الشرعية كما أن حليفه الحوثي جرده من كل المناصب القيادية في الدولة وبات هو المتحكم في كل شؤونها.
